¿Qué diferencia hay entre un software de control horario y un software de hoja de horas?

Básicamente, no hay ninguna diferencia.

La primera implica que el software realiza un control horario, mientras que la segunda implica la creación de hojas de horas, pero dado que casi todos los software de control horario envían los datos del control horario a las hojas de horas, y casi todos los software de hojas de horas obtienen sus datos del control horario, en la práctica no hay diferencia entre los dos.